SE Mäkisen kuljetustoiminnan aloitti Antero Mäkinen yhdessä vaimonsa Sylvi Elisabethin (SE) kanssa yhdellä kuorma-autolla vuonna 1952. Ensimmäinen asiakas oli Hufvudstadsbladet, jonka kanssa yhteistyö jatkuu edelleen. Vuosikymmenten mittaan kuljetusliike on muuttanut muotoaan ja toimintatapojaan useaan otteeseen. 1950-luvulla erikoistuttiin sanomalehtien kuljettamiseen maakuntiin. Uutta sanomalehtikuljetuksissa oli se, että niiden ansiosta pääkaupunkiseudun lehdet tavoittivat ilmestymispäivänään koko Suomen alueen. 50-luvulla perheen neljästä lapsesta kolme vanhinta Harri, Timo ja Tuula ehtivät jo ajokortti-ikään ja pääsivät osallistumaan myös kiehtovaan kuljettajan työhön. Kaikista tuli pesunkestäviä "automiehiä", mutta kuljettajana ylitse muiden kohosi Timo, joka riemastutti meitä suomalaisia Eläintarhan ajoissa ja kansainvälisissä ralleissa lempinimellä "Flying Finn". Voittoja tuli Monte Carlosta, RAC-rallista, Jyväskylän suurajoista ja monista muista. Perheen lapsista nuorin, Tapio, sai ajokortin vasta 1960 ja näin ollen pääsi "tielle" 10-vuotta muista jäljessä ja ehkäpä sen takia jatkaa edelleen matkaansa 2000-luvulla perheyrityksen johdossa ja omistajana.
1960-luku löi alkutahdit autojenkuljetukselle. Kun autokauppa vapautui tuontisäännöstelystä, ryhdyttiin sanomalehtien ohella kuljettamaan myös autoja tuontisatamista piirimyyjille. Ensimmäiset sopimukset astuivat voimaan vuonna 1964, jolloin näihin kuljetuksiin rakennettiin kaksi erikoisrakenteista puoliperävaunua. Posti- ja lennätinlaitos siirtyi kilpailijasta asiakkaaksi vuonna 1966. Yhteistyö alkoi postin ja lehtien yhteiskuljetuksena linjalla Helsinki-Vaasa ja kahta vuotta myöhemmin se laajeni aikataulunmukaisiin kuljetuksiin Helsingistä Ouluun ja edelleen Rovaniemelle ja Kuusamoon. 1970-luvulle tultaessa SE Mäkisen hoidettavana oli päivittäin noin 10 000 km:n edestä lehtien runkokuljetuksia. Vuosikymmenen lopussa lehtikuljetukset olivat huipussaan: sanomalehtiä kuljetti 30 autoa ja yhteensä 60 kuljettajaa. Autojenkuljetuksen paluuvirtoina Espooseen kuljetettiin aktiivisesti maakunnasta vakuutusyhtiöiden lunastamia kolariautoja.
Vuonna 1973 perustettiin erillinen yritys Tapio Mäkinen Oy, joka konsultoi asiakkaita kuljetusjärjestelmissä ja logistiikassa. Tämä toiminta on sittemmin sulautettu osaksi SE Mäkisen asiakaspalvelu-konseptia. Tapio Mäkinen aloitti yrityksen toimitusjohtajana vuonna 1978 ja toimii edelleen perheyhtiön hallituksen puheenjohtajana. Vuosina 1970-1972 SE Mäkinen panosti voimakkaasti kuorma-autojen liikenneturvallisuuden tekniseen parantamiseen. Tuolloin muun muassa otettiin käyttöön ensin lantiovyöt ja vuonna 1972 SE Mäkisen kehittämät kolmipistevyöt, jotka toimivat myös jousitetuissa kuljettajan istuimissa. Tuolta ajalta on peräisin myös yhtiön kaluston kirkkaankeltainen perusväri, joka valittiin erityisesti liikenneturvallisuutensa vuoksi. Myös ympäristöasioista huolehdittiin. SE Mäkisen iltapäivälehtien kuljetuksiin käytettävien bensiinikäyttöisten henkilöautojen sylinterikansiin tehtiin sellaiset muutokset, että autoissa voitiin käyttää lyijytöntä polttoainetta. Kun sanomalehtikuljetuksissa oli 70-luvulle tultaessa saavutettu markkinajohtajan asema ja tie siellä puolella oli käyty loppuun, päätettiin ryhtyä voimakkaisiin panostuksiin autojen kuljettamisen muuttamiseksi koko maan kattavaksi järjestelmäksi. Pohja koko maan kattavalle kuljetusjärjestelmälle luotiin, kun vuoden 1978 alussa Turkuun perustettiin Trailer-Auto Oy:n kanssa yhteinen kuljetustoimisto.
Autojenkuljetukset entiseen Neuvostoliittoon aloitettiin vuonna 1980. Seuraavana vuonna Trailer-Auto fuusioitiin SE Mäkiseen. Kuljetusjärjestelmän täyttöasteiden parantamiseksi pyrittiin yhteistyötä muiden alalla kilpailevien yritysten kanssa lisäämään voimakkaasti. Tuolloin yrittäjäilmasto oli kuitenkin sellainen, ettei rationaaliselle yhteistyölle ja verkottumiselle löytynyt pohjaa. Tämän vuoksi samaa tavoitetta lähdettiin toteuttamaan yritysostojen kautta, minkä seurauksena 80-luvun aikana viisi kuljetusliikettä fuusioitiin osaksi SE Mäkisen järjestelmää. Vuosikymmenen lopussa saavutettiin edellä mainituilla ratkaisuilla sellaiset perusvolyymit, joiden avulla kaikkiin Suomen kaupunkeihin voitiin ulottaa nopeat kuljetusyhteydet. Tällöin perustettiin kuljetustoimisto myös Hankoon lähemmäksi asiakkaita. Yhtiömme aloitti kokeilut ajoneuvotietokoneiden hyödyntämiseksi vuonna 1986. Vuonna 1987 aloitettiin yhtiörakenteen muuttaminen, jonka tavoitteena oli erottaa liiketoimintoina toisistaan logistiikkapalvelut ja operatiivinen kuljetustoiminta ja luoda siten edellytykset myöhemmin laajasti toteutetulle verkostorakenteelle. Tänä päivänä SE Mäkisen palvelukonseptin tuottaminen tapahtuu keskitetysti markkinaohjautuvana 14 erillisen erikoistuneen sopimusliikennöitsijän voimin. 80-luvun lopussa aloitettiin varastointipalvelujen tarjoaminen autokaupalle Hangossa. Vaikka 80-luku näyttikin suuntaa entistä mittavammille autokuljetuksille, hoidettiin lehtien ja postin kuljetuksia entisessä laajuudessaan vuosikymmenen loppuun saakka. Satelliittipainojen käyttöönoton myötä meni kuitenkin SE Mäkiselle tyypillisiltä koko maan kattavilta runkokuljetuslinjoilta pohja pois. Alkoi vetäytyminen tästä liiketoiminnasta. Edelleen näiden kuljetusten "jälkeläisinä" yhtiöllä on pienimuotoista lehtienkuljetusta Helsinki-Turku reitillä.
1990-luvun alku oli dramaattisen murroksen aikaa koko Suomelle, niin myös autokaupalle ja kuljetusyrityksille. Suomen markkinan autojenkuljetusten volyymit vähenivät vuosien 1989-1993 välisenä aikana 75 %, joten kokonaismarkkinoista jäi jäljelle neljännes. SE Mäkisen voimakas panostus autojen kuljettamiseen entiseen Neuvostoliittoon heti vuosikymmenen alussa poiki kuitenkin nopeasti tuloksia. Nämä markkinat lähtivät kovaan kasvuun vuoden 1992 kesällä ja jatkuivat vahvana kesään 1998, jolloin Venäjän talous romahti. Yhtiössä oli selvitetty tietotekniikan hyödyntämistä jo 70-luvun lopulla ja toistamiseen 80-luvun lopulla. Mobiilin tiedonsiirron puuttuessa ei reaaliaikaisen maankattavan tietojärjestelmän luomiselle ollut perustaa. Vuosina 1992-1994 yhtiössä kokeiltiin mobiilia tiedonsiirtoa rekkoihin Inmarsatilla, NMT:llä ja Mobitex:llä. Vuonna 1995 tehtiin suuri strateginen päätös lähteä kehittämään omaa räätälöityä toiminnaohjausjärjestelmää, joka kattaisi myös liikkuvan kaluston ja asiakkaat. Eri ohjelmisto-osaset otettiin asteittain käyttöön siten, että 1998 olivat käytössä konekielinen tilausten vastaanotto, tuotannonsuunnittelu ja -ohjaus, yhteydet rekoissa oleviin PC-laitteisiin ja asiakkaille avattu kattava, kuljetukset ja varastoinnin sisältävä Web-palvelu. Jokainen prosessin vaihe oli asiakkaan nähtävillä reaaliaikaisesti. Autoteollisuuden jakelutiellä tämä oli ainutlaatuista vielä seuraavan vuosituhannen alkupuolelle. 1996 Jyväskylään perustettiin jälleenlastausterminaali eri suunnista kulkevien autovirtojen yhdistämiseksi. Vuonna 1999 SE Mäkinen kuljetti 170 000 autoa asiakkaidensa tilauksesta ja yhtiön liikevaihto oli oli 65 miljoonaa markkaa (11 milj. euroa). Kuljetustuotannossa oli 60 ajoneuvoa ja perävaunua sekä koko SE Mäkinen-verkoston palveluksessa runsaat sata henkeä. Uudelle vuosituhannelle siirryttäessä SE Mäkinen oli yhä selkeämmin logistisia prosesseja innovatiivisella informaatiotekniikalla hallitseva palveluritys pitkälti tehtyjen onnistuneiden tietotekniikkainvestointien ansioista.
SE Mäkinen voitti yrityssarjassa Suomen Logistiikkapalkinnon vuonna 2000. Keskeisenä perusteena palkintolautakunta piti uuden sukupolven reaaliaikaista toiminnaohjausjärjestelmää. Vuosituhannen alussa käynnistettiin myös Turussa autojen maahantulotarkastukset (PDI) ja lisävarustelut (PPO). Logistiikkapalveluja myyvän suomalaisen yrityksen kannalta liiketoimintaympäristö Venäjällä lähti vuonna 2001 kehittymään myönteiseen suuntaan avaten näkymiä pidempijänteiselle toiminnalle ja investoinneille. Vuoden aikana toimeksiannot Venäjän liikenteessä lisääntyivät merkittävästi. Vuoden 2002 keväällä tehdyllä kaupalla siirtyi yhtiöömme autojenkuljetuksen veteraaneihin kuuluvan Raimo Sohkasen autojenkuljetusliiketoiminta. Näin saimme varmistettua riittävän kapasiteetin käyttöömme varautuessamme palvelujemme kysynnän kasvuun sekä Venäjän että Suomen markkinoilla. Syyskuun alussa 2002 vahvistui SE Mäkisen verkosto edelleen, kun myös autojenkuljetusveteraani Raimo Stenvallin harjoittama liiketoiminta siirtyi kaupalla SE Mäkisen omistukseen. Samaisena vuonna myös SE Mäkisen toiminnaohjaus- ja ympäristöjärjestelmät sertifioitiin ISO-standardien mukaisesti. Vuosi 2003 alkoi vahvassa murroksessa. Vuosia odotettu autoverotuksen merkittävä alentuminen kasvatti uusien autojen myyntiä hetkessä kymmeniä prosentteja. Koko Suomen autojenkuljetuskapasiteetti joutui todella koville kaikkien aikojen nopeimman kysyntäkasvun seurauksena. Kapasiteettitilanne oli äärimmäisen tiukalla koko kevään merkittävistä lisäkapasiteettipanostuksista huolimatta. Vuosi 2003 oli merkittävä, koska välillä jo hiipunut yhteistyö Valtionrautateiden kanssa saatiin reippaasti käyntiin Pohjois-Suomen kuljetusten osalta. Tämä toi rautatiekuljetukset kiinteäksi osaksi Suomen kuljetusjärjestelmää. Uutena palveluna ryhdyttiin asiakkaille suorittamaan myös autoverotusta, tullausta ja ennakkorekisteröintiä. Toukokuussa 2003 SE Mäkiselle myönnettiin Ford Motor Company:n kansainvälinen Q1-laatupalkinto. Ford Motor Company arvioi jatkuvasti palvelu- ja tavaratoimittajiaan oman laatuohjelmansa puitteissa. Vuosia kestäneen mittaamisen ja auditointien jälkeen oli SE Mäkinen asetettu ehdolle palkinnonsaajaksi, ja toukokuussa palkinto luovutettiin yhtiöllemme ensimmäisenä Pohjoismaissa. Barcelonassa lokakuussa 2003 "Global Automotive Logistics 2003" -seminaarin yhteydessä Euroopan arvostetuin autoteollisuuden uutislehti Automotive News Europe jakoi neljättä kertaa Logistics Awards -palkinnot. Kilpailusarjoja oli neljä, joihin oli valittu kymmenen alan kärkiyritystä maailmalta. SE Mäkinen oli ehdolla kahdessa sarjassa: Outbound Logistics ja Innovation & Technology. Voitto tuli Innovaatiot ja teknologia -sarjassa. Vuonna 2001 alkanut Venäjän, ja muutama vuosi myöhemmin alkanut Baltian voimakas automarkkinoiden kasvu on pitänyt yhtiömme voimakkaassa liikkeessä myös näillä markkinoilla. Näinä vuosina rakensimme myös loistavalle tietotekniikkapohjalle jatkuvasti uusia ominaisuuksia, kuten kävelevälle henkilöstölle esim. varastoissa kämmenmikrot ja monet reaaliaikaiseen informaatioon liittyvät asiakkaille suunnatut tietopalvelut. Samoin yhteyksiä sopimusliikennöitsijöihin ja alihankkijoihin vietiin suurin harppauksin eteenpäin. Vuonna 2004 alettiin myös Vantaalla tehdä maahantulokunnostuksia ja -varusteluja. Vantaalla on tähän asti keskitytty ainoastaan kuorma-autojen lisävarusteluihin ja maahantulotarkastuksiin. Samaisena vuonna perustettiin tytäryhtiö Eestaas Oü Baltiaan. Vuosina 2005-2006 panostettiin voimakkaasti henkilökunnan, erityisesti kuljettajien, työturvallisuuteen ja -terveyteen. Projektin yhteistyössä SE Mäkinen Logistics:n kanssa olivat Työterveyslaitos, Lääkärikeskus Mehiläinen sekä Rahtarit ry. Vuonna 2006 allekirjoitimme ensimmäisten eurooppalaisten logistiikka- ja kuljetusyritysten joukossa European Road Safety Chapterin EU-komission kanssa. Tavoitteena on alentaa liikennekuolemia kolmasosaan allekirjoitushetkestä. Tämän allekirjoituksen edellytyksenä oli vahvat näytöt tieturvallisuutta edistävistä konkreettisista toimenpiteistä.